Lee Kun-hee sinh ngày 9 tháng 1 năm 1942 tại Daegu, trong thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Triều Tiên. Ông là con trai thứ ba của Lee Byung-chul, nhà sáng lập tập đoàn Samsung, được thành lập với tư cách ban đầu là một công ty nhỏ chuyên về xuất khẩu trái cây và cá khô.[21] Lớn lên, Lee được cha gửi sang Nhật Bản để học tập, rèn luyện. Ông tốt nghiệp trường Đại học Waseda danh tiếng rồi sau đó trở về nước, làm việc cho công ty của gia đình.[3]

Ông Lee có một bằng cử nhân Kinh tế học của Đại học Waseda (Nhật Bản) và một bằng MBA từ Đại học George Washington (Hoa Kỳ).[8]